《特种部队》讲述了美国特训特种敢死队G.I.JOE与恐怖组织眼镜蛇部队之间的激烈对抗。G.I.JOE的使命是维护人类的自由与安全，而眼镜蛇部队则企图统治世界。故事围绕双方的高科技武器争夺展开，尤其是近未来武器研发集团MARS创始人詹姆斯•麦库伦发明的纳罗脉微型机器人，这种机器人能在短时间内吞噬敌人，威力巨大。北大西洋公约组织购买了四颗纳罗脉弹头，但在运送途中遭到高科技武装分子的袭击。G.I.JOE成员包括霍克将军、公爵、红发女郎等，他们与眼镜蛇指挥官、迪斯特罗等反派展开了殊死搏斗，最终成功阻止了眼镜蛇部队的阴谋，捍卫了世界的和平与自由。