《忍者神龟》的故事发生在纽约曼哈顿的地下管道中，四只少年忍者龟和他们的老师斯普林特——一只六英尺高的老鼠，共同生活在这里。斯普林特原本是人类，因接触了一种神秘的绿色物质而变异成老鼠，他携带的四只宠物龟也随之发生变异，获得了智慧和超能力。四只神龟分别名为达芬奇、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗，他们各自擅长不同的武器和战斗技巧。为了保护城市的和平，他们与邪恶势力展开斗争，对抗紫龙帮的坏蛋、狡猾的科学家巴克斯特·斯多克曼博士，以及神秘且强大的忍者史莱德。在他们的冒险中，神龟们不仅要面对敌人的威胁，还要学会团队合作与成长，成为城市的守护者。