在晨雾弥漫的京都舞鹤湾，发现了一艘可疑船只。船上残存的数据和零件确认是日本所没有的，这一消息让全国陷入紧张。与此同时，柯南和他的朋友们受邀参加海上自卫队的演习活动。演习中，柯南意外发现了一名漂浮在海上的神秘女子，她身上携带着一张可疑的照片。然而，女子在获救后不久便离奇失踪。柯南开始调查，逐渐揭开了隐藏在背后的巨大阴谋。原来，这艘可疑船只与某个恐怖组织有关，他们计划在日本发动一场大规模的袭击。柯南与自卫队成员联手，试图阻止这场灾难。在紧张的对峙中，柯南凭借智慧与勇气，成功揭露了幕后黑手的身份，并阻止了恐怖袭击的发生，拯救了无数生命。