《暴风中的雄鹰》讲述了1936年红军长征后援部队战士火娃、张大顺、小武等被马步芳军队俘虏后成功逃脱的故事。藏族老猎人巴布掩护了他们，但藏族人内部因如何处置红军产生分歧。富户多汤父子主张将红军交给马步芳，老巴尔坚决反对，最终头人百户同意放走红军。然而，马步芳军队前来搜捕，老巴尔与张大顺等人合力击毙三名敌人。敌军狗营长企图活埋被俘的红军战士，老巴尔父子与其他藏民将他们救出。敌人抓走了老巴尔的儿子华尔丹，百户责怪老巴尔留下红军引发灾祸。为不连累群众，刘指导员和火娃决定用自己交换华尔丹，百户深受感动，决定与红军并肩作战。刘指导员带领张大顺等人救出华尔丹，狗营长洗劫部落并杀害百户。敌人集结兵力围攻红军，红军战士与藏民携手抵抗，最终为保护藏民，红军战士全部壮烈牺牲。