《假面骑士零一千骑计划》讲述了飞电智能公司引领人工智能潮流，研发出一款AI机器人并投入实际运用。然而，这些机器人被企图灭绝人类的“灭亡迅雷站”黑入系统，导致其暴走。为应对这一危机，政府成立了专门针对AI犯罪的特务机关，以维持治安。与此同时，立志成为搞笑艺人的飞电或人突然被告知要继承飞电智能公司社长之位，并因此被卷入这场事件中。在对抗“灭亡迅雷站”的过程中，飞电或人逐渐揭开了千骑系统的诞生之谜，并与特务机关的成员亡等人展开合作。亡的神秘身份、千骑系统的诞生过程以及不破谏大脑中的芯片来源等谜团也逐渐揭晓。最终，飞电或人与伙伴们共同对抗敌人，努力保护人类与AI的共存。