《枪弹辩驳3 The End of 希望峰学园 绝望编》讲述了私立希望之峰学园本科77期生的故事。这群学生各自拥有超高校级的才能，但他们逐渐陷入绝望的深渊。故事从他们入学开始，描绘了他们如何从充满希望的未来走向绝望的过程。学园内部的阴谋、外界的压力以及学生们之间的复杂关系逐渐将他们推向崩溃的边缘。随着事件的推进，学生们逐渐失去了对未来的希望，甚至开始互相猜疑和残杀。最终，他们的命运被绝望所笼罩，学园也因此陷入了无法挽回的混乱与毁灭。这段经历不仅改变了他们的人生，也为整个学园带来了无法修补的创伤。