《四月一日灵异事件簿第二季》延续了第一季的故事，讲述了高中生四月一日君寻在壹原侑子的店里继续打工的经历。四月一日拥有能够看见妖怪的特殊体质，这让他备受困扰，因此他向侑子许愿，希望不再看见妖怪。作为代价，他必须在侑子的店里工作。在店里，四月一日遇到了各种奇异的委托人和超自然事件，逐渐深入了解人与妖怪之间的复杂关系。与此同时，他与好友百目鬼和小葵的羁绊也在加深。百目鬼拥有驱除妖魔的能力，而小葵则带有招来厄运的体质。随着剧情的发展，四月一日逐渐成长，学会了面对自己的特殊能力，并开始理解侑子所说的“等价交换”的真正意义。故事充满了奇幻与治愈的元素，展现了人性的温暖与力量。