《科学小飞侠Crowds insight》的故事发生在2015年的东京都立川市，这个城市被设定为日本的第二首都。在高科技的推动下，智能手机和社交网络已经成为人们生活中不可或缺的一部分。然而，城市中出现了名为“MESS”的未知存在，它们引发了一系列的麻烦与骚乱。主角一行人作为“Gatchaman”，利用特殊的笔记本“NOTE”将灵魂的特殊能力实体化为铠甲，并借助这种力量介入事件，维护城市的和平。与此同时，社交媒体“GALAX”也在悄然改变着这座城市。GALAX的用户——“GALAXER”们通过软件内置的人工智能“X总裁”的指导，能够在遇到困难时保持冷静，并尝试与周围的人共同解决问题。GALAX的创立者希望通过这种方式建立一个理想的横向社会。然而，GALAX的知名用户“LOAD”并不认同Gatchaman的存在意义，认为他们并非城市和平的守护者。故事围绕着Gatchaman与GALAX之间的冲突与共存展开，探讨了科技、社会与人类关系的复杂议题。