《机动战士高达SEED》讲述了在宇宙纪元C.E.70年，地球联合军与Z.A.F.T.因经济摩擦爆发战争的故事。新人类"COORDINATOR"居住的卫星遭到核弹袭击，史称"血染情人节"事件，导致双方矛盾激化。普通工业大学学生基拉·大和在Z.A.F.T.军抢夺高达时意外成为驾驶员，却发现自己必须与儿时好友阿斯兰·萨拉——现任Z.A.F.T.议长之子兵戎相见。随着战局升级，中立国奥布也被卷入冲突，基拉与同伴们被迫在战争漩涡中寻找自己的立场，同时揭露了"高达"背后隐藏的基因改造计划真相。故事通过少年们的成长，探讨了战争、种族歧视与人性的复杂命题。