《新世纪福音战士新剧场版：破》讲述了在“第二次冲击”后，世界重建，14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。原本期待与父亲重逢的他，却目睹了名为“使徒”的巨大生物与军队激战。危急时刻，特务机关NERV的葛城美里救下真嗣，并将其带往NERV总部。然而，迎接他的是父亲的冷酷命令：驾驶巨大人型机器人EVA与使徒战斗。真嗣最初拒绝，但看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定接受任务。随后，真嗣结识了从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，两人共同面对接踵而至的使徒。在战斗过程中，真嗣逐渐成长，但碇元渡暗中推进的“人类补完计划”也逐渐浮出水面，预示着更大的危机即将来临。