《移动迷宫2》讲述托马斯与伙伴们逃出迷宫后，被带到一座由詹森管理的神秘庇护所。表面提供安全环境，实则暗藏危险。詹森安排他们在医疗实验室接受测试，承诺送他们去更安全的保护区。察觉异常的托马斯带领同伴再次逃离，却发现外界已被“闪焰症”病毒摧毁，城市废墟中充满受感染的人类。他们必须穿越危机四伏的焦土，寻找抵抗组织“正义军”，同时躲避詹森派出的追兵。在逃亡过程中，伙伴们逐渐发现彼此与病毒的特殊联系，而托马斯的记忆碎片也暗示着一个更大的阴谋。面对生存考验与信任危机，这群年轻人必须揭开真相，为人类的未来而战。