《特种部队眼镜蛇的崛起》讲述了地球上出现了一个名为“眼镜蛇”的神秘恐怖组织，他们通过轰炸埃菲尔铁塔向世界宣告其成立，引发了全球恐慌。为了应对这一威胁，联合国派出了一支名为G.I.Joe的特种部队，由霍克将军领导，成员包括公爵、红发女、开伞索、断路器、重载和蛇眼等12名精英。他们迅速展开行动，追查“眼镜蛇”的阴谋，发现其背后有战争狂人迪斯特罗的支持。在对抗过程中，G.I.Joe与“眼镜蛇”展开激烈战斗，尤其是面对心狠手辣的“男爵夫人”和白幽灵等强敌。随着战斗的升级，一位隐藏在“眼镜蛇”内部的重要成员逐渐显露真身，其身份让G.I.Joe成员大为震惊。最终，G.I.Joe全力以赴，试图阻止“眼镜蛇”的毁灭性计划，保卫世界和平。