《巨神战击队之轨道先锋上部》讲述了国土安保联合会会长宋南湖与其子宋二力投入巨资研发超级拯救机，用于救灾任务。然而，宋南湖突然失踪，新任会长宋北山取消了该项目。为保住发明成果并寻找父亲，宋二力谎称超级拯救机已报废，并主动调至宣传科，暗中成立巨神战击队超救分队。分队成员包括自媒体“爱就救平台”的大炅、艾蕊、岩冈、江勇和阿志。与此同时，自称被人类进化过程陷害的邪恶老鼠“鼠王爷”带领四大妖君及仇恨怪，制造各种自然灾害与社会灾难，企图灭绝人类。面对鼠王爷的威胁，超救分队挺身而出，展开了一场守护地球的激战。