《女巡按》讲述了武则天时期女官谢瑶环的传奇故事。谢瑶环因破获宫中奇案得到武则天赏识，被任命为巡按前往关中调查钦差被杀案。她与女官朱月仙、唐敏及将军秦明同行，途中屡破奇案。太平公主在关中游玩时迷恋神秘男子鱼郎，反遭囚禁。谢瑶环智破绿衫案救出公主，却意外发现关键证人歌女彩蝶竟是自己失散多年的妹妹。案件牵扯出前朝悬案，鱼郎自杀留下谜团。面对关中豪强沙横天和幕后黑手武承嗣的阻挠，谢瑶环险遭毒手，最终凭借智慧侦破大案，揭开鱼郎之死的真相——沙家帮主实为女子，与鱼郎是一对苦命鸳鸯。然而破案后的谢瑶环陷入情感困境，为兑现对妹妹的承诺，不得不割舍与侠客连庭飞的爱情，在情与法的抉择中坚守正义。