《奇妙博物馆》讲述了主人公拉里·达利的生活陷入低谷，频繁换工作、离婚后，妻子即将再婚，儿子对他的信任也逐渐动摇。为了挽回自己的生活并争取儿子的抚养权，拉里不得不放弃梦想，成为纽约自然博物馆的夜间警卫。原本以为这是一份枯燥的工作，但上班的第一天，他发现了博物馆的秘密：一枚法老金牌拥有神奇的魔力，每到夜晚，馆内的所有标本都会复活，包括追逐骨头的霸王龙、捣乱的猴子、暴虐的匈奴王和穴居人等。在26届总统特迪·罗斯福的帮助下，拉里勉强控制了局面，但很快又面临新的危机：有人试图夺取法老金牌。为了守护博物馆的奇迹，拉里不得不挺身而出，展开一场奇幻而惊险的冒险。