在遥远的古希腊神话时代，守护女神雅典娜的圣斗士们以星座之力对抗邪恶。现代日本，少女城户沙织发现自己体内沉睡着小宇宙之力，被青铜圣斗士星矢告知她正是雅典娜转世。然而圣域教皇指控沙织冒充女神，派出刺客追杀。星矢与同伴们保护沙织前往圣域，却遭遇教皇设下的致命陷阱。面对最强黄金圣斗士的阻拦，星矢等人燃烧小宇宙誓死守护雅典娜。随着战斗升级，隐藏在圣域的惊人阴谋逐渐浮出水面——现任教皇竟是篡位者双子座撒加。最终在射手座黄金圣衣的指引下，星矢击败撒加，沙织以雅典娜之姿重掌圣域，为这场跨越时空的正邪之战画上句点。