《博物馆奇妙夜2》讲述了拉里·达利在经历第一集的奇遇后，以自己名字为品牌的手电筒赚了不少钱，生活看似无忧无虑，但心底却总有一种失落感。此时，纽约自然博物馆发生了一件大事，促使拉里重返博物馆，继续他的奇妙之旅。夜晚来临，博物馆里的展品再次活了过来，包括追逐骨头的霸王龙、爱捣乱的猴子、暴虐的匈奴王和钻木取火的穴居人，场面一度混乱不堪。在26届总统特迪·罗斯福的帮助下，拉里好不容易控制住了局面。然而，他很快又面临新的挑战：有人盯上了博物馆的法老金牌，企图利用它的神奇力量。为了守护博物馆的夜晚奇迹，拉里不得不挺身而出，展开一场充满冒险与笑料的奇幻旅程。