《精灵宝可梦第二季》讲述了小智与皮卡丘继续冒险的故事。这一次，他们的旅程从橘子群岛开始，目标是挑战橘子联盟的南十字星徽章。在旅途中，他们遇到了许多新的宝可梦和训练家，小智的伙伴小霞和小刚也继续陪伴着他。橘子群岛的环境与关都地区截然不同，充满了热带风情和神秘的古代遗迹。小智一行人不仅需要面对新的挑战，还要与不断捣乱的火箭队周旋。途中，他们遇到了许多强大的对手，如橘子群岛的宝可梦大师和神秘的训练家，这些经历让小智的宝可梦逐渐变得更加强大。与此同时，小智也逐渐成长为一名更加成熟的训练家，学会了如何更好地与宝可梦并肩作战。