《黑衣人》讲述纽约警察詹姆斯·爱德华兹在一次追捕中意外发现外星人存在的真相，随后被招募加入秘密组织"星际移民局"。这个代号为MIB的组织负责监管生活在地球上的1500名外星人，维护宇宙秩序。爱德华兹化名为特工J，与资深特工K搭档。他们面临的第一个任务是调查外星王子被杀案件，并追查凶手——伪装成人类的虫族。随着调查深入，他们发现虫族企图夺取能毁灭银河系的次原子能源"银河系"。最终J和K在纽约世博会遗址与虫族展开决战，成功保护了地球免遭毁灭。影片以J正式成为MIB特工，K选择退休并被消除记忆告终，留下J独自面对这个充满外星秘密的新世界。