《哥斯拉1998》讲述了一只因核爆试验影响而变异的巨型蜥蜴袭击纽约市的故事。这只被称为“哥斯拉”的怪物最初攻击了日本的渔船，随后登陆纽约，准备在此产卵。军方与哥斯拉展开激烈战斗，误以为已将其消灭。然而，哥斯拉在麦迪逊广场产下的数百颗蛋开始孵化。主角团队发现这一情况后，立即通知军方。军方派出F18战斗机将巢穴轰炸殆尽。就在此时，哥斯拉从地下钻出，发现后代被炸死，愤怒地追杀主角们。最终，哥斯拉被困在布鲁克林桥，被F/A18战斗机的导弹击毙。然而，怪物的巢穴中仍残留着一颗未孵化的蛋，预示着未来可能再次带来威胁。