《星际迷航9：起义》讲述了皮卡特舰长得知百科中尉在巴库星球被掳为人质后，率领企业号前往营救的故事。抵达后，他们发现巴库星球上仅居住着六百名巴库人，他们与世隔绝，摒弃科技，崇尚和平，过着纯朴的生活。百科被掳显然并非巴库人所为，皮卡特舰长意识到其中另有隐情。他结识了一名巴库女子安妮，得知巴库人虽然外表年轻，但实际年龄已超过三百岁。巴库人长生不老的秘密在于星球外围的特殊放射线，这种放射线能不断重组基因结构。然而，巴库人正面临灭种的威胁。索纳人发现巴库人的秘密后，企图占领巴库星球，独享青春泉源。索纳人首领鲁阿弗假借文化访查之名，率众进入巴库星球，计划赶走巴库人。皮卡特舰长将情报上报杜尔迪司令，却发现星际联邦总部早已知情并暗中参与阴谋。杜尔迪命令企业号撤离，不得干预。皮卡特舰长面临抉择：若服从命令，将违背誓言；若采取行动，则必须放弃一切，投入这场天堂之战。