《生化危机3：灭绝》讲述了爱丽丝被保护伞公司实验室复制，成为伊萨克博士的研究标本。由于她体内的DNA能够对抗T病毒，博士试图利用她来增强丧尸的杀伤力。爱丽丝接到人类的求救信号，却陷入陷阱，经过一番激烈的搏斗才成功自救。然而，在睡梦中，她感受到体内强大力量的召唤，显然实验室对她进行了改造。伊萨克博士还为僵尸注入人类血液，激活了它们的心智，使僵尸变得更加强大且难以控制。三年后，地球变成了一片荒芜之地，内华达州的幸存者结成同盟，爱丽丝也隐藏身份加入其中。由于实验室赋予她的超能力和间谍身份，她感到孤立无援，唯有卡洛斯理解她的困境，两人之间也逐渐产生了暧昧的情感。面对日益强大的丧尸和保护伞公司的威胁，爱丽丝必须找到办法拯救人类并揭露真相。