《特种部队眼镜蛇的崛起》讲述了地球上出现了一个名为“眼镜蛇”的神秘恐怖组织，他们通过炸毁埃菲尔铁塔向世界宣告了自己的存在，引发了全球恐慌。为了应对这一威胁，联合国派出了一支名为G.I.Joe的秘密特种部队，由霍克将军领导，成员包括公爵、红发女、开伞索、断路器、重载和蛇眼等精英。他们迅速展开行动，追查“眼镜蛇”的阴谋，并发现该组织背后有战争狂人迪斯特罗的支持。与此同时，“眼镜蛇”内部也有心狠手辣的角色，如男爵夫人和白幽灵。随着双方战斗的升级，G.I.Joe逐渐揭开了“眼镜蛇”的核心成员身份，令人震惊的真相浮出水面。