大兵福特·布罗迪原本过着平静的生活，但他内心一直无法摆脱15年前的阴影。那时，他与父母生活在日本，父亲乔伊和母亲桑德拉在一座核电站工作。在乔伊生日当天，一场突如其来的灾难摧毁了核电站，母亲桑德拉不幸遇难。政府以核辐射为由封锁了该地区，并隐瞒了真相。乔伊却察觉到了异常，多年来一直在调查此事。福特得知父亲被捕后前往日本，意外卷入了一场更大的危机。原来，核电站的灾难是由一种名为“穆托”的远古生物引发的，它们正在苏醒并威胁着人类的安全。与此同时，沉睡已久的巨型怪兽哥斯拉也被唤醒，与穆托展开了激烈的对抗。福特与其他幸存者必须在哥斯拉与穆托的战斗中生存下来，并找到阻止灾难的方法。最终，哥斯拉击败了穆托，恢复了世界的平衡，但人类也意识到了自身在自然面前的渺小。