《机密复仇者》讲述了冷酷无情的正义使者惩罚者弗兰克·卡斯尔在追查军火贩子该隐时，遇到了黑寡妇和神盾局指挥官尼克·弗瑞。神盾局正致力于防止其尖端武器技术落入恐怖组织利维坦之手，急需通过该隐找到失窃的技术资料。尽管卡斯尔崇尚个人主义，但他最终接受了弗瑞的建议，与黑寡妇组成了临时搭档。然而，卡斯尔行事独断专行，执意要抓住作恶多端的该隐，导致他与黑寡妇多次发生冲突。与此同时，黑寡妇意外遇见了她在神盾局时期被认为已经死去的恋人艾利阿斯。从他口中，黑寡妇得知了利维坦正在策划的可怕阴谋。为了阻止这场灾难，卡斯尔和黑寡妇必须克服分歧，共同面对强大的敌人。