《终极蜘蛛侠》講述了彼得·帕克成為蜘蛛俠兩年後的故事。儘管他已經拯救了無數生命並與超級惡棍戰鬥，但他仍在學習如何成為一名真正的超級英雄。神盾局局長尼克·弗瑞看中了他的潛力，提供了一個訓練機會，邀請他加入“終極蜘蛛俠”計劃。彼得與四位年輕的超級英雄——白虎、新星、神力俠和鐵拳——組成團隊，共同面對挑戰。在這個過程中，彼得不僅要應對與導師和隊友之間的複雜關係，還逐漸理解了自身的命運。與此同時，他還要面對章魚博士、毒液、綠魔等強大的敵人，特別是綠魔，他甚至擁有彼得的DNA，使得這場對抗更加危險而深刻。