《天才黄金脑神之谜第三季》延续了前两季的悬疑冒险风格，故事围绕主人公大门展开。大门是一名对解谜充满热情的高中生，他与青梅竹马的少女野叶一同被卷入了一场关乎人类命运的谜题挑战中。这次，他们被邀请前往一座神秘的遗迹，解开一个由智能集团精心设计的“贤者之谜”。这个谜题不仅复杂异常，更隐藏着威胁人类生命的危机。然而，大门凭借对解谜的热爱与天赋，决定接受挑战。在探索过程中，他意外获得了一件神秘物件，这件物品似乎与谜题的核心息息相关。随着剧情推进，大门与伙伴们逐渐揭开了更深层的阴谋，并面临着前所未有的考验。