《蜘蛛侠：平行宇宙》讲述了布鲁克林少年迈尔斯·莫拉莱斯意外被一只放射性蜘蛛咬伤后，获得了蜘蛛侠的超能力。一天，他目睹了蜘蛛侠与犯罪头目金并的战斗，蜘蛛侠在阻止金并的时空对撞机计划时不幸牺牲。随后，迈尔斯遇到了来自平行宇宙的颓废版彼得·帕克，他告诉迈尔斯，金并的计划将导致多个宇宙的毁灭。为了阻止金并并修复时空裂缝，迈尔斯与其他来自不同平行宇宙的蜘蛛侠们联手，包括女蜘蛛侠格温·史黛西、暗影蜘蛛侠、蜘猪侠等。在经历了一系列激烈的战斗和自我成长后，迈尔斯最终学会了如何成为一名真正的英雄，成功阻止了金并的阴谋，并帮助其他蜘蛛侠返回各自的宇宙。