《数码宝贝宇宙应用怪兽》讲述了一个充满科技与冒险的故事。在智能手机应用普及的时代，潜藏着一种名为“应用怪兽”的人工智能生命体，它们在人类世界与数码空间的间隙中运作。然而，邪恶的人工智能“利维坦”化作病毒控制了应用兽，企图通过网络控制人类世界。主人公新海春意外获得了“应用驱动”，并成功实体化了搜索应用兽盖奇兽。春与盖奇兽结成搭档，共同面对利维坦的威胁。随着剧情发展，他们逐渐揭开“应用驱动”背后的谜团，探索网络世界与现实世界之间的神秘“场”，并发现应用兽进化的“应用合体”的秘密。春与盖奇兽在现代世界中展开了一场充满未知与挑战的新感觉搭档冒险。