《赛罗奥特曼外传：有机生命体的危机》讲述了赛罗奥特曼与伙伴们对抗人工星球比特星的冒险故事。为了保护艾美拉娜公主，钢铁武士詹伯特被比特星囚禁。赛罗奥特曼、红莲火焰和镜子骑士决定深入比特星内部展开营救。在比特星移动过程中，雷和日向也意外进入这颗星球。比特星内部结构复杂，中心有人造太阳，周围环绕着月球和未来废墟。星球内充斥着大量机器人军团，其目标为消灭所有有机生命体。赛罗一行人与机器人军团展开激战，却发现詹伯特已被比特星控制，甚至出现了强大的钢铁杀手，令赛罗难以招架。为了拯救艾美拉娜公主和詹伯特，众人必须找出幕后黑手，阻止比特星的毁灭计划。