数码世界正面临前所未有的危机。管理数码世界的主机"世界树"为了创造新世界，启动了清除所有现有数码兽的"X计划"。在这场毁灭性灾难中，一只携带特殊抗体的多路兽意外逃脱，并与人类少年松田启人相遇。当现实世界开始出现数码领域侵蚀现象时，启人和他的朋友们被卷入两个世界的存亡之战。手持蓝色卡片的驯兽师们与搭档数码兽并肩作战，他们必须阻止世界树的疯狂计划。在战斗过程中，多路兽不断进化，展现出惊人的力量。面对强大的敌人和未知的阴谋，这群少年少女将如何拯救两个世界的命运？数码兽与人类之间深厚的羁谊，或许正是破解这场危机的关键。