《境界触发者》的故事發生在三門市，這座擁有28萬人口的城市某天突然出現了通往異世界的門。來自異世界的侵略者“近界民”肆意破壞門附近的區域，令整座城市陷入恐慌。就在人們以為城市即將毀滅之際，一個名為“BORDER”的神秘組織出現並擊退了近界民。BORDER在這邊的世界建立了巨大的基地，專門對抗不斷來襲的近界民。四年後，來自異世界的少年空閑游真來到日本尋找父親的熟人，並結識了三雲修。為了了解近界民的真相，修決定引導並監視剛踏入人類世界的游真。兩人隨著BORDER與近界民的戰鬥，展開了一段充滿冒險與成長的故事。