《莫斯科陷落2》延续前作科幻灾难设定，讲述外星飞船坠毁莫斯科三年后，普通女孩朱莉娅意外接触外星科技，被军方秘密收押研究。实验室中她逐渐觉醒超常能力，其体内蕴藏的能量不仅引发国防部高层震动，更意外激活了地外文明遗留的毁灭性程序。当朱莉娅的能力与外星装置产生共鸣时，整座城市陷入能量风暴，太空轨道上的外星母舰同时启动攻击程序。为阻止地球坐标暴露给更危险的星际文明，朱莉娅必须在军方围剿和外星追杀的夹缝中，解开自己与坠落飞船间的神秘联系。此时第一部的幸存飞行员也带着关键线索归来，莫斯科上空即将爆发更宏大的星际冲突。