《使徒行者3》延续卧底警匪对决主线，刑事情报科总督察章纪孜怀疑刚出狱的卓凯（苗侨伟饰）重涉黑道，暗中布控监视。爆seed薛家强（林峯饰）结束三年卧底任务后，以沐足店老板身份继续收集犯罪情报，与卓凯意外卷入跨国器官贩卖案，联手女卧底窦亚希（黄智雯饰）及保安局调查官韦作荣（马国明饰）捣毁犯罪集团。与此同时，神秘社团浮出水面，逃亡多年的覃欢喜（许绍雄饰）暗中调查该组织，而新成立的安全情报机构吸纳徐天堂（袁伟豪饰）加入，各方势力在正邪博弈中展开错综复杂的卧底暗战。随着社团核心人物魏德信（张振朗饰）的现身，昔日兄弟情谊与身份立场面临终极考验。