《黑脑》讲述了一群盗贼为寻找传说中的宝藏前往远海的孤岛监狱，却意外发现被囚禁的Hakaider，最终全被其杀死。失去记忆的Hakaider为追寻身世来到“基督城”，这座表面和平的都市实则由统治者古谢夫操控，他将有反抗意识的人改造成顺从者，营造虚假的和平。Hakaider在与基督城重武装兵交战时，得到当地反抗组织的帮助，并与其成员一同返回地下基地。在基地内，Hakaider与少女薰产生了微妙的情感。古谢夫得知Hakaider出现后，命令重武装兵将其消灭，因Hakaider曾是他制造但不服从命令的机器人。古谢夫的亲卫机器人米迦勒带领重武装兵突袭反抗组织基地，薰因此丧生。愤怒的Hakaider决心打倒古谢夫，向着基督城的元老院进发，展开最后的决战。