《赛罗奥特曼THEMO第五季E超决战贝利亚银河帝国》讲述了赛罗奥特曼与宿敌贝利亚奥特曼展开的终极对决。故事开始，奥特战士们的故乡遭到神秘敌人的突然袭击。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。随后，赛罗戴着父亲给予的赛罗手镯，独自踏上未知的宇宙之旅。在旅途中，他与行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜会面，得知了敌人的真正身份——银河皇帝贝利亚。贝利亚曾是奥特战士们齐心打倒的邪恶战士，如今复活并建立了强大的银河帝国。赛罗奥特曼决心阻止贝利亚的野心，展开了与贝利亚及其军队的激烈战斗，最终为宇宙的和平而战。