在《新世纪福音战士新剧场版：破》中，碇真嗣继续驾驶EVA初号机对抗使徒。他与新伙伴式波·明日香·兰格蕾和绫波丽一同接受训练和战斗任务。明日香性格自信张扬，与沉默寡言的绫波丽形成鲜明对比。三人共同面对不断来袭的使徒，逐渐加深彼此的理解与合作。然而，随着战斗的深入，真嗣逐渐发现父亲碇元渡背后隐藏的“人类补完计划”秘密。与此同时，新的使徒出现，战斗愈发激烈。真嗣必须在保护自己和伙伴的同时，揭开父亲计划的真相，并面对远超自己能力的挑战。故事在紧张的战斗和复杂的情感交织中推进，展现了少年们在巨大压力下的成长与抉择。