《新世纪福音战士新剧场版Q》的故事发生在《破》之后的14年。碇真嗣从沉睡中醒来，发现自己身处一个陌生的世界。此时，地球已被“近第三次冲击”摧毁，人类文明濒临崩溃。真嗣被Wille组织的成员救出，Wille是一个与NERV对抗的组织，旨在阻止人类补完计划的继续实施。真嗣得知，自己曾驾驶的EVA初号机被认为是引发近第三次冲击的元凶，而他被视为罪魁祸首。Wille的成员对真嗣充满敌意，唯有葛城美里仍试图保护他。与此同时，NERV的碇元渡和渚薰继续推进人类补完计划，试图通过EVA系列实现人类的进化。真嗣在迷茫中与渚薰重逢，两人建立了深厚的羁绊。然而，渚薰的真实身份是第13使徒，他的存在与人类补完计划息息相关。最终，真嗣面临艰难的选择：是否要继续驾驶EVA，拯救人类，还是放弃一切，接受命运的摆布？故事在充满悬念与哲学思考的氛围中走向高潮，为后续的结局埋下伏笔。