在东京一家濒临倒闭的旧书店里，颓废的漫画家藤原浩偶然发现一本神秘古籍《女神异闻录》。当他翻开泛黄书页时，一位自称"经书女神"的古装少女突然从书页中跃出。这位由千年经文信仰凝聚而成的书灵，因现代人不再诵读经典而逐渐虚弱。误将藤原认作经书传人的女神，强行与他缔结契约，要求他协助收集现代人的"愿力"。于是，不会念经的废柴漫画家与古典文学白痴的女神，开始了令人啼笑皆非的都市救赎之旅——用漫画传播经典，在秋叶原开诵经直播，甚至将《金刚经》改编成偶像歌曲。而随着古籍中其他沉睡的书灵陆续苏醒，两人逐渐揭开了更惊人的秘密：女神记忆深处那段被刻意抹去的、与藤原前世有关的因果......