《特种部队：眼镜蛇的崛起》讲述了近未来，武器研发集团MARS创始人詹姆斯发明了名为纳罗脉的微型机器人，威力巨大。北大西洋公约组织武器研究所对此极为感兴趣，向MARS集团购买了四颗纳罗脉弹头。然而，在运送过程中，护卫队遭到一伙高科技武装分子的袭击。就在弹头即将被抢走之际，一支神秘的特种部队出手阻止了武装分子的计划，并救下了护卫队仅存的两名成员。这支特种部队的成员包括杜克、里普科德和斯卡莉特等精英战士。他们不仅要保护弹头不被恐怖分子夺走，还要揭开背后的阴谋，阻止一场足以威胁全球安全的危机。随着调查的深入，他们发现这一切都与一个名为“眼镜蛇”的神秘组织有关，而这个组织的野心远超出他们的想象。