《数码宝贝 幽灵游戏》讲述了一个近未来的故事，随着新科技的发展，社交网络上流传着被称为“全息幽灵”的怪奇现象传闻。初中一年级学生天之河宙在父亲失踪后，偶然启动了父亲留下的神秘设备“生命手环 数码器V”，从此能够看到普通人无法察觉的未知生物——“数码兽”。宙与父亲托付给他的顽皮数码兽“伽马兽”相遇后，开始被卷入各种离奇事件中。从盗取人类时间的“缝口男”，到夜晚徘徊掳走人类的“木乃伊男”，全息幽灵在人们身边潜伏，伺机而动。宙与伽马兽及其伙伴们一起，踏入了数码兽生存的神秘世界，揭开了隐藏在现实背后的未知故事。