《精英部队2：大敌当前》讲述了巴西里约特别警察行动部队队长纳西门托在上一集故事结束13年后的个人和家庭生活。在一次平复监狱暴动的行动中，特别警察部队遭受重创，元气大伤。纳西门托虽然仕途顺利，但也因此受到牵连。与此同时，巴西国内爆发了一场大规模的政治斗争，波及社会各阶层，从总统到普通人无一幸免。警察局、军队和特别警察部门都陷入困境。纳西门托不仅要面对外部的政治危机，还要处理家庭内部的矛盾。他的正值青春期的孩子逐渐脱离监管，成为街头混混，这让纳西门托感到无比焦虑。在这个动荡的国家和复杂的家庭环境中，纳西门托努力寻找安身立命之道，试图在混乱中维持生活的稳定。