《宝可梦：超梦的逆袭 进化》讲述了小智与同伴们在收集到关都地区八个道馆徽章后，收到一封神秘的邀请函，邀请他们前往新岛的神奇宝贝城与“全世界最强的训练家”会面。然而，这其实是超梦设下的陷阱。超梦是人类通过复制技术创造出的宝可梦，拥有强大的力量，却因无法找到自我而陷入迷茫。为了报复人类，超梦决定挑战所有训练家，并试图证明自己的力量。与此同时，在亚马逊丛林深处，传说中的宝可梦梦幻感受到超梦的存在而苏醒。随着超梦与梦幻的相遇，一场关于“本尊”与“分身”之间的激烈对决即将展开。小智和同伴们在这场纷争中努力寻找平衡，试图化解这场危机。