《轮回的拉格朗日 第二季》延续了第一季的故事，讲述了京乃圆与她的朋友们继续守护家乡鸭川的冒险。圆作为“鸭女运动衫部”的核心成员，与来自外星的少女兰和麦波一起，面对新的危机。随着外星势力的介入，地球的和平再次受到威胁。三人必须齐心协力，驾驶神秘的机器人“Vox”与敌人战斗。在战斗的过程中，圆逐渐揭开了兰和麦波的真实身份，以及她们与地球之间的神秘联系。与此同时，三人之间的友情也经受着考验，她们必须在保护地球的同时，找到属于自己的道路。故事充满了青春的热血与科幻的奇幻元素，展现了少女们成长与奋斗的历程。