铃声又一次在凹凸学园响起，金抱着刚领到的新课本差点撞上迎面走来的格瑞。第二学年的第一天就充满意外——凯莉的课桌里塞满了不明来源的糖果，安莉洁的占卜结果让全班陷入混乱，而雷狮海盗团正谋划着新的恶作剧计划。
这个看似普通的校园藏着太多秘密：实验室的仪器总在深夜自动启动，学生会的监控系统捕捉到无法解释的光影，连食堂阿姨都开始研究量子力学。当金和伙伴们试图调查这些怪事时，却意外触发了埋藏在学园地下的远古装置。
课桌下的涂鸦、黑板上的奇怪公式、总在转角消失的银发转学生……所有的线索都指向那个被校史刻意抹去的"第七实验室"。紫堂幻的笔记本突然浮现出会移动的文字："他们回来了"。