《假面骑士圣刃 剧场短篇 不死鸟剑士与破灭之书》讲述了一个关于破灭之书的危机故事。破灭之书拥有毁灭世界的力量，一旦被激活，世界将被吞噬于虚无之中。飞羽真成功击败了巴赫特，并将其封印回书中。然而，一位神秘人偷走了破灭之书，并将其带回南区基地。封印被不死剑士解开，黑暗力量从书中涌出，现实世界与奇幻世界逐渐被吞噬。飞羽真与伙伴们必须联手对抗这股强大的黑暗力量，阻止世界的毁灭。与此同时，他们与《假面骑士Ghost》的英雄们展开合作，共同面对这场前所未有的危机。故事充满了紧张的战斗场面与深刻的友情羁绊，展现了骑士们为守护世界而战的决心。