在21世纪的地球恢复和平之际，一颗携带人工时空囊的陨石坠落地球。TPC的GUTS小队通过时空囊得知地球即将面临巨大灾难。与此同时，预言中的两大怪兽"哥路渣"和"米路巴"相继出现。GUTS小队根据线索寻找隐藏在金字塔中的三位巨人。当他们找到金字塔时，怪兽也紧随而至。尽管队员们奋力守护，但三座巨人石像仍被破坏得只剩一座。危急关头，队员大伍的战机被击中，在生死时刻化作光芒与最后一座石像融合，令光之巨人"迪迦"复活。迪迦奥特曼与两大怪兽展开激烈战斗，为守护地球而战。故事随后延续到新领域时代，人类文明向宇宙拓展时，新的邪恶势力再次威胁世界。神秘光芒与热血青年飞鸟信相遇，新的传奇就此展开。