21世纪，地球恢复了昔日的和平，但宇宙中坠下一颗陨石，陨石内藏着一个神秘的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊得知地球即将面临巨大的灾难。与此同时，时空囊预言的两大怪兽“哥路渣”和“米路巴”相继出现，GUTS小队根据线索开始寻找隐藏在金字塔中的三大巨人的身体。经过艰难的努力，队员们终于找到了金字塔，但两大怪兽也紧随其后。尽管GUTS小队拼死守护，三个巨像仍被破坏得只剩一个。队员大伍的战机被击中，逃生装置失灵，危急时刻，大伍突然化作一道光，与最后一个石像结合。光之巨人“迪迦奥特曼”因此复活，并与两大怪兽展开了激烈的战斗。与此同时，新领域时代的开启使人类的科技飞速发展，但新的邪恶势力也在暗中崛起。一道神秘的光降临地球，与热血青年飞鸟信融合，新的战士“戴拿奥特曼”诞生，与迪迦奥特曼并肩作战，共同守护地球的和平与未来。