《机动奥特曼 第二季 日配版》延续了第一季的冒险与科幻元素，讲述了奥特曼之子进次郎与玲奈在面临新的外星威胁时的故事。几十年前，奥特曼离开地球，留下了一个和平的世界。然而，外星恐怖组织“黑暗之星”再次出现，意图摧毁地球。进次郎和玲奈在一次大规模地球人消失事件中被传送到外星人的飞船上，他们必须与伙伴们合作，揭开真相并保护地球。与此同时，自由记者光太郎在调查“消失事件”时不幸遇害，但被神秘力量复活，化身为新的超人，加入了对抗黑暗之星的战斗。面对强大的敌人，进次郎和他的伙伴们必须团结一致，运用科技与勇气，守护地球的未来。