《四月一日灵异事件簿 第二季》延续了高中生四月一日君寻的奇幻冒险。拥有看见妖怪体质的他，继续在壹原侑子的神秘店铺打工偿还愿望的代价。本季中，四月一日与好友百目鬼静、九轩葵共同面对更多离奇事件：从解决被诅咒的物件，到调和人与妖怪的纠葛。随着故事展开，侑子店铺"实现愿望需付出对等代价"的法则不断引发深刻考验，而四月一日也逐渐发现自身特殊体质背后的真相。在光怪陆离的事件中，三人羁绊不断加深，四月一日也开始思考自己真正想要守护的事物。本季在延续单元剧模式的同时，进一步揭示了主要角色的过去与命运交织的线索。